Kündigungsfristen sind gesetzlich festgelegt. Die gesetzliche Mindestdauer beträgt vier Wochen und wird jedes Mal um einen Monat erhöht, wenn der Arbeitnehmer sein 5., 8., 10., 12. und 15. Jahr der Arbeit für denselben Arbeitgeber abgeschlossen hat. Der Höchstanspruch beträgt sieben Monate, nachdem der Arbeitnehmer 20 Dienstjahre absolviert hat. Bei der Berechnung seines Kündigungsanspruchs werden jedoch Dienstjahre bis zum 25. Lebensjahr des Arbeitnehmers nicht berücksichtigt. Tarifverträge können längere oder kürzere Kündigungsfristen vorsehen, während in einzelarbeitsverhältnissen nur längere Kündigungsfristen festgelegt werden dürfen. Ab dem 1. Mai 2000 ist dies schriftlich zu erfolgen, damit die Rechtskraft wirksam wird.

Übernehmen beispielsweise Nachwuchsgruppenleiter ein Projekt mit mehr Forschungsverantwortung, werden sie in der Regel auch in eine höhere Lohngruppe eingeteilt. Theoretisch ist es für einen wissenschaftlichen Mitarbeiter möglich, ein niedrigeres Gehalt als bisher zu erhalten, da er tatsächlich auf Erfahrungsstufe 1 von vorne anfangen müsste. Die Tarifverträge sehen jedoch vor, dass dies niemals geschehen darf und dass das Personal auf ein höheres Erfahrungsniveau mit mindestens dem gleichen Gehalt versetzt wird. Verdi-Gewerkschaftschef Frank Bsirske begrüßte die Vereinbarung als “Erfolg” für Gewerkschaften und Arbeitgeber. Forschungsmitarbeiter sind Beamte, und ihr Tarifvertrag sieht eine jährliche Sonderzahlung vor. Dies ersetzt den früheren bezahlten Urlaub und Weihnachtsgeld. Sie beträgt je nach Gehaltsband und Erfahrungsstufe zwischen 33 % und 60 % ihres durchschnittlichen Monatsgehalts. Es gibt auch Unterschiede zwischen den alten und neuen Bundesländern.

Zusätzliche Leistungen werden auch an wissenschaftliche Mitarbeiter gezahlt, z.B. wenn sie besonders erfolgreich mit dem Erwerb von Drittmitteln sind. Allerdings sind diese Zusatzzahlungen in einigen Bundesländern nicht so üblich. Lediglich die TV-H-Vereinbarung sieht ein Kindergeld vor – ein Überbleibsel aus dem Bundesbeschäftigtentarif BAT, der nun durch TVoeD und TV-L ersetzt wurde. Jeder Vollzeitbeschäftigte, der seit mindestens 6 Monaten in derselben Einrichtung beschäftigt ist, kann eine Teilzeitbeschäftigung beantragen (Art. 8 Abs. 1). Der Arbeitgeber nimmt diesen Antrag an, es sei denn, er hält den Antrag aus betrieblichen Gründen für nicht durchführbar, z. B. wenn die Verkürzung der Arbeitszeit negative Auswirkungen auf die Organisation, den Arbeitsfluss oder die Sicherheit haben kann oder zu übermäßigen Kosten führen würde.

Andere akzeptable Gründe für die Ablehnung können durch Tarifverträge angegeben werden. Der Elternurlaub wird jedoch nicht berücksichtigt. Mitarbeiter, die eine Pause von ihrer Forschungsarbeit einlegen, um sich um ein neugeborenes Kind zu kümmern, können diese Zeit nicht für sich beanspruchen, wenn sie auf die nächste Erfahrungsstufe wechseln. Wenn ein Forscher mehrere Jahre nicht mehr arbeitet oder für einen nichtöffentlichen Arbeitgeber arbeitet, kann er sogar in eine niedrigere Kategorie versetzt werden und folglich mit einer Gehaltskürzung rechnen müssen. In den Tarifverträgen wird davon als “verheerende Unterbrechungen” bezeichnet. Gemäß Abs. 1 des Arbeitsschutzgesetzes werden die gegenseitigen Pflichten des Arbeitsvertrags auch während des militärischen und alternativen Dienstes ausgesetzt.